الکتروفورز ژل می تواند در جهت افقی یا عمودی انجام شود. ژل های افقی معمولا از یک ماتریس آگارز تشکیل شده اند. اندازه منافذ این ژل ها به غلظت اجزای شیمیایی بستگی دارد: منافذ ژل آگارز (قطر 100 تا 500 نانومتر) در مقایسه با ژلپورهای آکریل آمید (قطر 10 تا 200 نانومتر) بزرگتر و کمتر یکنواخت هستند. در مقایسه، مولکول های DNA و RNA بزرگتر از یک رشته خطی پروتئین هستند که اغلب قبل یا در طول این فرآیند دناتوره می شوند و تجزیه و تحلیل آنها را آسان تر می کند. بنابراین، مولکول های DNA و RNA اغلب روی ژل آگارز (به صورت افقی) اجرا می شوند. سیستم DYCP-31DN ما یک سیستم الکتروفورز افقی است. این دستگاه ژل ریخته گری می تواند 4 سایز مختلف ژل را توسط سینی های ژل مختلف بسازد.
