یک سیستم الکتروفورز از دو جزء اصلی تشکیل شده است: یک منبع تغذیه و یک اتاقک الکتروفورز. منبع تغذیه برق را تامین می کند. «قدرت» در این مورد، برق است. الکتریسیته ای که از منبع تغذیه می آید، در یک جهت، از یک سر محفظه الکتروفورز به سمت دیگر جریان می یابد. کاتد و آند محفظه همان چیزی است که ذرات باردار مخالف را جذب می کند.
در داخل محفظه الکتروفورز، یک سینی وجود دارد - به طور دقیق تر، یک سینی ریخته گری. سینی ریخته گری از قسمت های زیر تشکیل شده است: صفحه شیشه ای که در ته سینی ریخته گری قرار می گیرد. ژل در سینی ریخته گری نگهداری می شود. "شانه" شبیه نامش است. شانه در شکاف هایی در کنار سینی ریخته گری قرار می گیرد. قبل از ریختن ژل داغ و ذوب شده در شکاف ها قرار می گیرد. پس از سفت شدن ژل، شانه خارج می شود. "دندان" شانه سوراخ های کوچکی در ژل ایجاد می کند که به آن "چاه" می گوییم. چاه ها زمانی ایجاد می شوند که ژل داغ و ذوب شده در اطراف دندانه های شانه جامد شود. شانه پس از سرد شدن ژل بیرون کشیده می شود و چاه هایی باقی می ماند. چاه ها مکانی را برای قرار دادن ذرات مورد نظر برای آزمایش فراهم می کنند. فرد باید بسیار مراقب باشد که هنگام بارگذاری ذرات، ژل را مختل نکند. ترک خوردن یا شکستن ژل احتمالاً بر نتایج شما تأثیر می گذارد.